Pertama, UIN Sunan Kalijaga menerima calon mahasiswa baru melalui jalur Penelusuran Bibit Unggul Calon Mahasiswa Baru –PBUCM (kolektif lewat sekolah) Melalui jalur ini sudah dilaksanakan bulan Maret lalu dan mahasiswa yang diterima sudah selesai melakukan registrasi.
Kedua, jalur Ujian Masuk (UM). Jalur ini juga sudah dilaksanakan bulan April lalu dan mahasiswa yang diterima juga sudah melakukan registrasi.
Ketiga, jalur Penelusuran Calon Mahasiswa Berprestasi (PCMB). Mereka yang bisa mendaftar melalui jalur ini antara lain, siswa yang masuk peringkat 5 terbaik dari minimal 25 siswa yang dibuktikan dengan surat keterangan dari Kepala Sekolah, nilai raport semua mata pelajaran selama menempuh sekolah tidak kurang dari kriteria ketuntasan minimal (60), tidak memiliki ketunaan dibuktikan dengan surat keterangan dokter, pendaftaran dibuka mulai tanggal 25 Juni – 16 Juli 2008, atau bisa melalui internet dengan alamat website http://pmb.uin-suka.ac.id.
Keempat, siswa-siswi yang tidak memiliki prestasi seperti tersebut di atas bisa masuk UIN Sunan Kalijaga melalui jalur Ujian Tulis. Jalur ini tidak membatasi tahun lulusan dan bisa menerima siswa-siswi yang lulus melalui ujian persamaan ataupun yang setara lainnya. Pendaftaran, untuk jalur Ujian Tulis dibuka tanggal 25 Juni sampai 16 Juli 2008. Ujian Tulis dilaksanakan Kamis, 24 Juli 2008.
Kelima, jalur SNMPTN (Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri) 2008. Pendaftaran melalui jalur ini telah dibuka dari tanggal 16 – 27 Juni 2008 nanti. Untuk kelompok IPA/IPC membayar biaya pendaftaran sebesar Rp 150.000,- dan untuk kelompok IPC sebesar Rp 175.000,- melalui Bank Mandiri. Formulir bisa diambil di kampus UIN Sunan Kalijaga (Gedung Rektorat Lama) dengan menunjukkan bukti pembayaran setelah membayar di Bank Mandiri.
Sementara, cara mendaftar untuk jalur PCMB dan Ujian Tulis, dengan membayar uang pendaftaran Rp 175.000,-, atau ke rekening rektor pada BNI dengan no rekening 0039234173 atau Bank Syariah Mandiri dengan no rekening 1670008884 atau Bank Bukopin dengan no rekening 1002156047, dengan menulis pendaftaran PCMB 2008 untuk jalur PCMB, atau Pendaftaran Ujian Tulis 2008 untuk jalur Ujian Tulis. Untuk verifikasi data pendaftar harus datang sendiri dengan membawa bukti pembayaran pendaftaran, pasfoto terbaru ukuran 3 x 4 sebanyak 3 lembar, fotocopy ijazah, surat keterangan tidak memiliki ketunaan dari dokter, prangko kilat. Untuk keterangan lebih lanjut bisa menghubungi Drs. Oman Fathurohman (0818463537), Drs. H. Mukhtar Djamil (081578101337), Drs. AS. Ardani, M.A. (08122603728), atau kampus setempat.
Sementara fakultas yang dibuka antara lain Fakultas Ushuluddin dengan Prodi : S1 Aqidah dan Filsafat (AF), S1 Perbandingan Agama (PA), S1 Tafsir Hadist (TH), dan S1 Sosiologi Agama (SA). Fakultas Tarbiyah dengan Prodi : S1 Pendidikan Agama Islam (PAI), S1 Pendidikan Bahasa Arab (PBA), S1 Kependidikan Islam (KI), S1 Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI). Fakultas Syari’ah dengan Prodi : S1 Ahwal Al Syakhsyiyah (AS), S1 Perb. Mazhab dan Hukum (PMH), S1 Jinayah Siyasah (JS), S1 Muamalat (MU), S1 Keuangan Islam (KUI). Fakultas Dakwah dengan Prodi : S1 Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI), S1 Bimbingan dan Penyuluhan Islam (BPI), S1 Pengembangan Masyarakat Islam (PMI) dengan konsentrasi Pengembangan Masyarakat (PM) dan Kesejahteraan Sosial (KS), S1 Manajemen Dakwah (MD). Fakultas Adab dengan Prodi : S1 Bahasa dan Sastra Arab (BSA), S1 Sejarah Kebudayaan Islam (SKI), D3 Perpustakaan dan Informasi (PII), S1 Ilmu Perpustakaan (PI). Fakultas Sosial dan Humaniora dengan Prodi : S1 Psikologi, S1 Sosiologi, S1 Ilmu Komunikasi. Fakultas Sains dan Teknologi dengan Prodi : S1 Matematika, S1 Fisika, S1 Kimia, S1 Biologi, S1 Teknik Informatika, S1 Teknik Industri, S1 Pendidikan Matematika, S1 Pendidikan Kimia, S1 Pendidikan Biologi, S1 Pendidikan Fisika.